====LINPACK Benchmark Information====

Es ist ein LINPACK Ergebnis, wie es für die Submission der TOP500 ([[https://top500.org/project/linpack/|link]]) zulässig ist einzureichen.

Als Result des Benchmarks ist der Rmax des Systems und die dazugehörige Logdatei einzureichen.

====GROMACS Benchmark Information====

Die input [[https://www.gromacs.org/|GROMACS]] tpr Datei für den benchmark findet sich [[https://www.mpinat.mpg.de/grubmueller/bench|hier]]. Der relevant Benchmark ist [[https://www.mpinat.mpg.de/benchPEP-h|Bench PEP-h (12 M atoms, peptides in water, 2 fs time step, h-bonds constrained)]].

Als Result des Benchmarks ist die ns/day aus dem GROMACS log-file inklusive des Logdatei einzureichen. Anzugeben ist weiterhin die verwendete GROMACS version und die vollständige verwendete Kommandozeile.

Beispiel Kommandozeile zum Ausführen der Simulation:

<code>
gmx_mpi mdrun -v -s benchPEP-h.tpr -maxh 1 -resethway -nsteps -1
</code>

Unbedingt in der Kommandozeile enthalten sein müssen folgende Parameter:
<code> -v -maxh 1 -resthway -nsteps -1 </code>

Offloading auf die GPUs ist erwünscht, e.g. mittels <code> -pme gpu -update gpu -bonded gpu </code> oder ähnlichen.

Änderungen der Konfiguration des MD Algorithmus welche die Präzision der Ergebnisse beeinflussen können sind **nicht** erlaubt, z.B. manuelle Anpassung der Updatefrequenz der Neighborlist via <code> -nstlist </code>.