Es ist ein LINPACK Ergebnis, wie es für die Submission der TOP500 (link) zulässig ist einzureichen.

Als Result des Benchmarks ist der Rmax des Systems und die dazugehörige Logdatei einzureichen.

Die input GROMACS tpr Datei für den benchmark findet sich hier. Der relevant Benchmark ist Bench PEP-h (12 M atoms, peptides in water, 2 fs time step, h-bonds constrained).

Als Result des Benchmarks ist die ns/day aus dem GROMACS log-file inklusive des Logdatei einzureichen. Anzugeben ist weiterhin die verwendete GROMACS version und die vollständige verwendete Kommandozeile.

Beispiel Kommandozeile zum Ausführen der Simulation:

gmx_mpi mdrun -v -s benchPEP-h.tpr -maxh 1 -resethway -nsteps -1

Unbedingt in der Kommandozeile enthalten sein müssen folgende Parameter:

 -v -maxh 1 -resthway -nsteps -1 

Offloading auf die GPUs ist erwünscht, e.g. mittels

 -pme gpu -update gpu -bonded gpu 

oder ähnlichen.

Änderungen der Konfiguration des MD Algorithmus welche die Präzision der Ergebnisse beeinflussen können sind nicht erlaubt, z.B. manuelle Anpassung der Updatefrequenz der Neighborlist via

 -nstlist 

.